【作者】 徐武杰
【关键词】 鄱阳湖流域 DNA条形码 COI 生物地理学 华溪蟹属
【导师姓名】周宪民
【学位名称】硕士
【学位年度】2015
【授予单位】南昌大学医学院
【分类号】 R383.2
【录入时间】2017-05-14
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【摘要】目的:探讨运用DNA条形码标准序列进行鄱阳湖流域并殖吸虫宿主动物华溪蟹属淡水蟹类分类鉴定的可行性,为淡水蟹分类鉴定提供一个标准化的分子分类参照模式。方法:根据不同取材部位对DNA提取效果的影响,优化华溪蟹属淡水蟹类DNA的提取。根据华溪蟹属物种间地理分布、生境模式的差异性,选取分布于鄱阳湖流域的福建华溪蟹(Sinopotamon fukienense)、万载华溪蟹(S.wanzaiense)、修水华溪蟹(S.xiushuiense)、斜缘华溪蟹(S.obliquum)、兰氏华溪蟹(S.lansi)以及资溪华溪蟹(S.zixiense)6个代表性物种,采用线粒体COI、16S r DNA基因片段以及核基因片段ITS2作为分子标记,结合Gen Bank数据库中同属序列片段,经DNA提取、引物筛选、PCR扩增、产物纯化测序及测序数据处理和分析,在计算得到的遗传距离和所构建系统发生树基础上进行华溪蟹DNA条形码标准基因的选择。结果:使用试剂盒法提取华溪蟹属淡水蟹类步足肌肉,DNA提取浓度可达30 ng/μL,DNA提取效果稳定可靠。在本实验涉及的淡水蟹类个体及类群的识别上,选择16S r DNA基因片段作为DNA条形码标准基因,对DNA模板的完整性等质量要求较高,陈旧样本提取的DNA无法保证理想的PCR扩增效率;而ITS2扩增产物经凝胶电泳则显示种间序列存在长度多态性。故16S r DNA和ITS2基因片段不适宜作为华溪蟹类物种的DNA条形码标准基因。COI基因片段扩增效率为100%,扩增效果最为稳定,且测序结果分析大小一致,无插入及缺失,结合Gen Bank部分华溪蟹属序列数据分析,可区分本次研究所涉及的75%的物种,提示COI基因片段较16S r DNA、ITS2基因更适合作为鉴定华溪蟹类物种的DNA标准序列。结论:1.使用试剂盒法提取华溪蟹属淡水蟹类步足肌肉,可获得稳定可靠的DNA提取效果。2.COI基因片段较16S r DNA、ITS2基因更适合作为鉴定华溪蟹类物种的DNA标准序列,可作为华溪蟹属淡水蟹类物种鉴定的辅助分类工具。3.研究涉及的COI基因片段序列A、T含量高达66.0%,有AT偏向,呈现后生动物线粒体基因典型的AT偏好特点。4.COI基因片段序列实验组数据计算建立的分支树显示:本次实验测序的S.fukienense与Gen Bank数据库下载的AB433578.1(S.fukienense COI基因片段)分为与其他7种华溪蟹无交叉的2支,若AB433578.1定种准确,提示极有可能在标本的补充采集及形态学测量比对基础上发现隐存物种(亚种)。5.基于S.lansi COI基因数据建立的分支树,显示赣东、赣北、赣中地区S.lansi先与湖北地区S.lansi并系为一支,该支进而与赣西、赣南地区S.lansi形成并系,并未显示出长江对S.lansi的地理阻隔作用,反而显示S.lansi种群沿大小水系扩散现象,结合S.lansi主要生活在大型河流、湖泊生境,及体型较大、活动能力强等特点,提示水系的相互沟通在淡水蟹类的分布上也可能有助于其扩散而非绝对的地理隔离。...
【全文】目的:探讨运用DNA条形码标准序列进行鄱阳湖流域并殖吸虫宿主动物华溪蟹属淡水蟹类分类鉴定的可行性,为淡水蟹分类鉴定提供一个标准化的分子分类参照模式。方法:根据不同取材部位对DNA提取效果的影响,优化华溪蟹属淡水蟹类DNA的提取。根据华溪蟹属物种间地理分布、生境模式的差异性,选取分布于鄱阳湖流域的福建华溪蟹(Sinopotamon fukienense)、万载华溪蟹(S.wanzaiense)、修水华溪蟹(S.xiushuiense)、斜缘华溪蟹(S.obliquum)、兰氏华溪蟹(S.lansi)以及资溪华溪蟹(S.zixiense)6个代表性物种,采用线粒体COI、16S r DNA基因片段以及核基因片段ITS2作为分子标记,结合Gen Bank数据库中同属序列片段,经DNA提取、引物筛选、PCR扩增、产物纯化测序及测序数据处理和分析,在计算得到的遗传距离和所构建系统发生树基础上进行华溪蟹DNA条形码标准基因的选择。结果:使用试剂盒法提取华溪蟹属淡水蟹类步足肌肉,DNA提取浓度可达30 ng/μL,DNA提取效果稳定可靠。在本实验涉及的淡水蟹类个体及类群的识别上,选择16S r DNA基因片段作为DNA条形码标准基因,对DNA模板的完整性等质量要求较高,陈旧样本提取的DNA无法保证理想的PCR扩增效率;而ITS2扩增产物经凝胶电泳则显示种间序列存在长度多态性。故16S r DNA和ITS2基因片段不适宜作为华溪蟹类物种的DNA条形码标准基因。COI基因片段扩增效率为100%,扩增效果最为稳定,且测序结果分析大小一致,无插入及缺失,结合Gen Bank部分华溪蟹属序列数据分析,可区分本次研究所涉及的75%的物种,提示COI基因片段较16S r DNA、ITS2基因更适合作为鉴定华溪蟹类物种的DNA标准序列。结论:1.使用试剂盒法提取华溪蟹属淡水蟹类步足肌肉,可获得稳定可靠的DNA提取效果。2.COI基因片段较16S r DNA、ITS2基因更适合作为鉴定华溪蟹类物种的DNA标准序列,可作为华溪蟹属淡水蟹类物种鉴定的辅助分类工具。3.研究涉及的COI基因片段序列A、T含量高达66.0%,有AT偏向,呈现后生动物线粒体基因典型的AT偏好特点。4.COI基因片段序列实验组数据计算建立的分支树显示:本次实验测序的S.fukienense与Gen Bank数据库下载的AB433578.1(S.fukienense COI基因片段)分为与其他7种华溪蟹无交叉的2支,若AB433578.1定种准确,提示极有可能在标本的补充采集及形态学测量比对基础上发现隐存物种(亚种)。5.基于S.lansi COI基因数据建立的分支树,显示赣东、赣北、赣中地区S.lansi先与湖北地区S.lansi并系为一支,该支进而与赣西、赣南地区S.lansi形成并系,并未显示出长江对S.lansi的地理阻隔作用,反而显示S.lansi种群沿大小水系扩散现象,结合S.lansi主要生活在大型河流、湖泊生境,及体型较大、活动能力强等特点,提示水系的相互沟通在淡水蟹类的分布上也可能有助于其扩散而非绝对的地理隔离。